ゲノム・データ研究開発課 AMEDゲノム制限共有データベース（AGD）
更新履歴
令和2年3月23日：「AMEDゲノム制限共有データベース（AGD）の運用・各種手続き等について」（PDF）を改訂しました。
なお、従来は、データ審査委員会承認後でないとデータをデータベースに登録できませんでしたが、
今回の改訂により、データ提供申請とあわせてデータをデータベースに提供（仮置き）が出来るようになりました。
AMEDゲノム制限共有データベース（Amed Genome group sharing Database，以下、AGD）は、ゲノム医療研究におけるデータシェアリングを加速するための「制限共有※」を実現し、制限共有データを効率的・効果的に運用するための公的データベースです。ヒトゲノムデータの公開データベース（NBDCヒトデータベース、JGA・DRA）を運用する NBDC#1 と DDBJ#2 の協力の下、構築・運用しています。
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NBDCの役割 |
登録・利用申請の受付け、登録データ審査および利用審査、AGD専用Webサイト運営（登録データ概要、ガイドライン等） |
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DDBJの役割 |
実際のデータベースの運用管理、技術支援 |
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AMEDの役割 |
AGD全般に関する調整 |
#1 NBDC：国立研究開発法人科学技術振興機構（JST）バイオサイエンスデータベースセンター
#2 DDBJ：国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan
（参考資料）
なお、AMEDでは、ゲノム情報を用いた医療の実現に向け、研究成果に紐付くゲノムデータ、及び臨床情報や解析・解釈結果等を含めたゲノム情報の、迅速、広範かつ適切な共有・公開を行うことを目的として、「ゲノム医療実現のためのデータシェアリングポリシー」（以下、AMEDデータシェアリングポリシー）を策定しています。
AMEDデータシェアリングポリシーでは、NBDC ヒトデータベースでの「制限公開」「非制限公開」に加え、「制限共有」という新たなデータシェアリングの方法を定め、より早い段階でのデータシェアリングを可能としており、この制限共有データを登録するデータベースのひとつとしてAGDが位置づけられています。
AGDがゲノム医療研究におけるデータシェアリングを促進し、それにより研究そのもの、ひいてはゲノム医療実現化の加速に繋がるよう、積極的にご活用ください。
AGDに登録されている制限共有可能なデータ
AMEDゲノム制限共有データベース（AGD）の運用・各種手続き等
（参考）
「制限公開データ※」はNBDCヒトデータベースに登録されています。
「非制限公開データ※」はNBDCヒトデータベース、MGeNDに登録されています。
（注）NBDCヒトデータベースでは、データシェアリングポリシーに基づかないデータも含まれています。
※ 非制限公開、制限公開、制限共有データとは？
（※正確な定義は「AMEDデータシェアリングポリシー」をご参照ください。）非制限公開データ：アクセスに制限なく誰でも利用可能。データは公的データベースに登録。
制限公開データ：アクセス申請を承認された研究者が利用可能。データは公的データベースに登録。
制限共有データ：アクセス申請を承認された研究者間で共有。データはAGDや自機関データベース等に登録。
問い合わせ先
AGDのデータを利用した共同研究等にご関心がある場合は、AMEDゲノム医療基盤研究開発課または各データを登録した研究者までお問い合わせください。
ゲノム・データ基盤事業部 ゲノム医療基盤研究開発課TEL：03-6870-2228
E-mail：kiban-kenkyu”AT”amed.go.jp
※アドレスは”AT”の部分を@に変えてください。
AGD利活用手順
Ⅰ．制限共有データをAGDに登録する
1．事前相談
データの登録申請手続きについて、バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）に事前にご相談下さい。
2．申請
①申請者は、申請書類をNBDCに提出します。②NBDCは、NBDCヒトデータ審査委員会に審査を依頼します。
③審査が承認されたら、NBDCはAGDを運用している国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJセンター（DDBJ）にデータ登録のためのAGD登録アカウントの発行を依頼します。
④NBDCから申請者宛に承認通知を送ります。
⑤DDBJから申請者宛にAGDへの登録手順の案内を送ります。
3．データ準備・登録
①申請者は、登録するデータのメタデータを作成して、DDBJ指定の登録手順にしたがってアップロードします。
②申請者は、登録するデータをファイルを準備します。
③申請者は、DDBJ指定の登録手順にしたがってデータファイルをアップロードします。
または
③’申請者は、DDBJ指定の登録手順にしたがってデータファイルをハードディスクに書き込み、DDBJ宛てに郵送します。
④DDBJにて、登録を確認後、申請者にAGD管理用IDを通知します。
Ⅱ．制限共有データをAGDに登録する（事前申請制度）
4．事前申請制度
研究プロジェクト開始時（実際の登録データが発生する前）に、包括的な申請を行うことにより、実際のデータ発生時の申請の手間を省略することができます。
［1］研究プロジェクト開始時
・事前相談
事前申請制度の手続き方法にについて、バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）にご相談下さい。
・事前申請
①分かる範囲で記載した申請書、研究計画書、倫理審査申請書等を提出して下さい。
②NBDCが、NBDCヒトデータ審査委員会に審査を依頼します。
③審査が承認されたら、NBDCはAGDを運用しているDDBJにデータ登録のためのAGD登録アカウントの発行を依頼します。
④NBDCから申請者宛に承認通知と登録アカウント・予定されるデータ登録用Submission IDを送ります。
⑤DDBJから申請者宛にAGDへの登録手順の案内を送ります。
［2］研究プロジェクトが進行し、登録するデータが揃った段階（初回）
・データ準備・登録
入手済み登録アカウントとSubmission IDを使用して登録をして下さい。
登録完了後、AGD管理用IDを入手します。
データ登録の手順は、「３. データ準備・登録」を参照して下さい。
［3］研究プロジェクトが進行し、登録するデータが揃った段階（第2回以降）
・追加データのデータ準備・登録
入手済み登録アカウントとSubmission IDを使用して登録をして下さい。
データ準備・登録の以降の手順は、前記（第1 回）と同じです。
Ⅲ．AGDの制限共有データを利用する
1．問い合わせ
利用希望者は、利用に際して、データ提供者（データ登録者）の許可を得ておく必要があります。
①利用希望者は、お問い合わせフォームに必要事項を記入してデータ提供者に送る。
②データ提供者は、データ利用を許可する場合は、お問い合わせフォームに署名して利用希望者に返却する。
2．利用環境確認・整備 利用希望者は、ガイドラインに従い、利用環境を確認する必要があります。
※NBDCヒトデータグループ共有ガイドライン3．申請
データ利用希望者は、ガイドラインに従い、利用環境を確認する必要があります。
①データ利用希望者は、申請書類をNBDCに提出します。
②NBDCは、NBDCヒトデータ審査委員会に審査を依頼します。
③審査が承認されたら、NBDCはDDBJにデータ利用のためのAGD利用アカウントの発行を依頼します。
④NBDCから利用希望者宛に承認通知とAGD利用アカウントを送ります。
4．データ利用
①データ利用希望者は、AGD利用アカウントでAGDにログインします。
②データ利用希望者は、利用するデータをダウンロードします。
または
②’データ利用希望者は、 空のハードディスクをDDBJに郵送します。
DDBJは、データをハードディスクに入れて、データ利用希望者宛に返送します
Ⅳ．AGDの制限共有データを公開データに移行する
制限共有データは論文化等のタイミングで極力公開し、本格的データシェアリングを行い、ゲノム医療研究の発展への貢献が期待されます。AGDは、NBDC・DDBJにより運用されているため、簡単な手続き（"AGDからNBDCヒトデータベースへ移行"という手続き）で迅速な公開が可能です。
最終更新日 令和2年3月23日