ゲノム・データ研究開発課 AMEDゲノム制限共有データベース(AGD)
更新履歴
令和6年7月5日:AMEDゲノム制限共有データベース(AGD)の運用主体が、NBDCからDBCLSに移管された(令和6年4月1日)ことに伴い、名称やリンク先を変更しました。
令和2年3月23日:「AMEDゲノム制限共有データベース(AGD)の運用・各種手続き等について」(PDF)を改訂しました。
なお、従来は、データ審査委員会承認後でないとデータをデータベースに登録できませんでしたが、
今回の改訂により、データ提供申請とあわせてデータをデータベースに提供(仮置き)が出来るようになりました。
AMEDゲノム制限共有データベース(Amed Genome group sharing Database,以下、AGD)は、ゲノム医療研究におけるデータシェアリングを加速するための「制限共有※」を実現し、制限共有データを効率的・効果的に運用するための公的データベースです。ヒトゲノムデータの公開データベース(NBDCヒトデータベース、JGA・DRA)を運用する DBCLSの協力の下、構築・運用しています。AGD収録データは一定期間経過後には、制限公開(JGA)又は非制限公開(DRA)への移行を原則としております。
DBCLSの役割 | 登録・利用申請の受付け、登録データ審査および利用審査、AGD専用Webサイト運営(登録データ概要、ガイドライン等) |
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DDBJの役割 | 実際のデータベースの運用管理、技術支援 |
AMEDの役割 | AGD全般に関する調整 |
#1 DBCLS:ライフサイエンス統合データベースセンター
#2 DDBJ:国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan
(参考資料)
NBDCヒトデータグループ共有ガイドライン
なお、AMEDでは、AMED との委託研究開発契約等に基づき実施される委託研究開発、補助事業その他 AMED が支援を行う事業によって創出、取得又は収集されたデータやそのデータを加工等することによって生み出されたデータに対して「AMED における研究開発データの取扱いに関する基本方針」を適用しております。 詳細につきましては、「AMED研究データ利活用に係るガイドライン」の最新版を参照ください。また、ゲノムデータに特化した内容は、同ガイドライン内末尾の「【ゲノム研究関連補足事項】」をも合わせて参照ください。
AGDに登録されている制限共有可能なデータ
(参考)
「制限公開データ※」はNBDCヒトデータベースに登録されています。
「非制限公開データ※」はNBDCヒトデータベース、MGeNDに登録されています。
(注)NBDCヒトデータベースでは、データシェアリングポリシーに基づかないデータも含まれています。
※ 非制限公開、制限公開、制限共有データとは?
(※正確な定義は「AMEDデータシェアリングポリシー」をご参照ください。)- 非制限公開データ:アクセスに制限なく誰でも利用可能。データは公的データベースに登録。
- 制限公開データ:アクセス申請を承認された研究者が利用可能。データは公的データベースに登録。
- 制限共有データ:アクセス申請を承認された研究者間で共有。データはAGDや自機関データベース等に登録。
問い合わせ先
AGDのデータを利用した共同研究等にご関心がある場合は、AMEDゲノム・データ研究開発課または各データを登録した研究者までお問い合わせください。
ゲノム・データ基盤事業部 ゲノム・データ研究開発課TEL:03-6870-2228
E-mail:kiban-kenkyu”AT”amed.go.jp
※アドレスは”AT”の部分を@に変えてください。
AGD利活用手順
Ⅰ.制限共有データをAGDに登録する
1.事前相談
データの登録申請手続きについて、DBCLSに事前にご相談ください。
2.申請
- 申請者は、申請書類をDBCLSに提出します。
- DBCLSは、NBDCヒトデータ審査委員会に審査を依頼します。
- 審査が承認されたら、DBCLSはAGDを運用している国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJセンター(DDBJ)にデータ登録のためのAGD登録アカウントの発行を依頼します。
- DBCLSから申請者宛に承認通知を送ります。
- DDBJから申請者宛にAGDへの登録手順の案内を送ります。
3.データ準備・登録
- 申請者は、登録するデータのメタデータを作成して、DDBJ指定の登録手順にしたがってアップロードします。
- 申請者は、登録するデータをファイルを準備します。
- 申請者は、DDBJ指定の登録手順にしたがってデータファイルをアップロードします。
または
申請者は、DDBJ指定の登録手順にしたがってデータファイルをハードディスクに書き込み、DDBJ宛てに郵送します。 - DDBJにて、登録を確認後、申請者にAGD管理用IDを通知します。
Ⅱ.制限共有データをAGDに登録する(事前申請制度)
4.事前申請制度
研究プロジェクト開始時(実際の登録データが発生する前)に、包括的な申請を行うことにより、実際のデータ発生時の申請の手間を省略することができます。
[1]研究プロジェクト開始時
事前相談
事前申請制度の手続き方法にについて、DBCLSにご相談ください。
事前申請
- 分かる範囲で記載した申請書、研究計画書、倫理審査申請書等を提出してください。
- DBCLSが、NBDCヒトデータ審査委員会に審査を依頼します。
- 審査が承認されたら、DBCLSはAGDを運用しているDDBJにデータ登録のためのAGD登録アカウントの発行を依頼します。
- DBCLSから申請者宛に承認通知と登録アカウント・予定されるデータ登録用Submission IDを送ります。
- DDBJから申請者宛にAGDへの登録手順の案内を送ります。
[2]研究プロジェクトが進行し、登録するデータが揃った段階(初回)
データ準備・登録
入手済み登録アカウントとSubmission IDを使用して登録をしてください。
登録完了後、AGD管理用IDを入手します。
データ登録の手順は、「3. データ準備・登録」を参照してください。
[3]研究プロジェクトが進行し、登録するデータが揃った段階(第2回以降)
追加データのデータ準備・登録
入手済み登録アカウントとSubmission IDを使用して登録をしてください。
データ準備・登録の以降の手順は、前記(第1回)と同じです。
Ⅲ.AGDの制限共有データを利用する
1.問い合わせ
利用希望者は、利用に際して、データ提供者(データ登録者)の許可を得ておく必要があります。
- 利用希望者は、お問い合わせフォームに必要事項を記入してデータ提供者に送る。
- データ提供者は、データ利用を許可する場合は、お問い合わせフォームに署名して利用希望者に返却する。
2.利用環境確認・整備 利用希望者は、ガイドラインに従い、利用環境を確認する必要があります。
3.申請
データ利用希望者は、ガイドラインに従い、利用環境を確認する必要があります。
- データ利用希望者は、申請書類をDBCLSに提出します。
- DBCLSは、NBDCヒトデータ審査委員会に審査を依頼します。
- 審査が承認されたら、DBCLSはDDBJにデータ利用のためのAGD利用アカウントの発行を依頼します。
- DBCLSから利用希望者宛に承認通知とAGD利用アカウントを送ります。
4.データ利用
- データ利用希望者は、AGD利用アカウントでAGDにログインします。
- データ利用希望者は、利用するデータをダウンロードします。
または
データ利用希望者は、 空のハードディスクをDDBJに郵送します。
DDBJは、データをハードディスクに入れて、データ利用希望者宛に返送します。
Ⅳ.AGDの制限共有データを公開データに移行する
制限共有データは論文化等のタイミングで公開を原則とし、本格的データシェアリングを行い、ゲノム医療研究の発展への貢献が期待されます。AGDは、DBCLS・DDBJにより運用されているため、簡単な手続き("AGDからNBDCヒトデータベースへ移行"という手続き)で迅速な公開が可能です。
最終更新日 令和6年7月5日