ゲノム・データ研究開発課 AMEDゲノム制限共有データベース(AGD)

更新履歴

令和6年7月5日:AMEDゲノム制限共有データベース(AGD)の運用主体が、NBDCからDBCLSに移管された(令和6年4月1日)ことに伴い、名称やリンク先を変更しました。
令和2年3月23日:「AMEDゲノム制限共有データベース(AGD)の運用・各種手続き等について」(PDF)を改訂しました。
なお、従来は、データ審査委員会承認後でないとデータをデータベースに登録できませんでしたが、
今回の改訂により、データ提供申請とあわせてデータをデータベースに提供(仮置き)が出来るようになりました。

AMEDゲノム制限共有データベース(Amed Genome group sharing Database,以下、AGD)は、ゲノム医療研究におけるデータシェアリングを加速するための「制限共有」を実現し、制限共有データを効率的・効果的に運用するための公的データベースです。ヒトゲノムデータの公開データベース(NBDCヒトデータベース、JGA・DRA)を運用する DBCLSの協力の下、構築・運用しています。AGD収録データは一定期間経過後には、制限公開(JGA)又は非制限公開(DRA)への移行を原則としております。

DBCLSの役割 登録・利用申請の受付け、登録データ審査および利用審査、AGD専用Webサイト運営(登録データ概要、ガイドライン等)
DDBJの役割 実際のデータベースの運用管理、技術支援
AMEDの役割 AGD全般に関する調整

AMEDゲノム制限共有データベース(Amed Genome group sharing Database)

#1 DBCLS:ライフサイエンス統合データベースセンター
#2 DDBJ:国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan

(参考資料)
NBDCヒトデータグループ共有ガイドライン

なお、AMEDでは、AMED との委託研究開発契約等に基づき実施される委託研究開発、補助事業その他 AMED が支援を行う事業によって創出、取得又は収集されたデータやそのデータを加工等することによって生み出されたデータに対して「AMED における研究開発データの取扱いに関する基本方針」を適用しております。 詳細につきましては、「AMED研究データ利活用に係るガイドライン」の最新版を参照ください。また、ゲノムデータに特化した内容は、同ガイドライン内末尾の「【ゲノム研究関連補足事項】」をも合わせて参照ください。

AGDに登録されている制限共有可能なデータ

AMEDゲノム制限共有データベース

(参考)
「制限公開データ」はNBDCヒトデータベースに登録されています。
「非制限公開データ」はNBDCヒトデータベースMGeNDに登録されています。
(注)NBDCヒトデータベースでは、データシェアリングポリシーに基づかないデータも含まれています。

※ 非制限公開、制限公開、制限共有データとは?

(※正確な定義は「AMEDデータシェアリングポリシー」をご参照ください。)
  • 非制限公開データ:アクセスに制限なく誰でも利用可能。データは公的データベースに登録。
  • 制限公開データ:アクセス申請を承認された研究者が利用可能。データは公的データベースに登録。
  • 制限共有データ:アクセス申請を承認された研究者間で共有。データはAGDや自機関データベース等に登録。

問い合わせ先

AGDのデータを利用した共同研究等にご関心がある場合は、AMEDゲノム・データ研究開発課または各データを登録した研究者までお問い合わせください。

ゲノム・データ基盤事業部 ゲノム・データ研究開発課

TEL:03-6870-2228
E-mail:kiban-kenkyu”AT”amed.go.jp
※アドレスは”AT”の部分を@に変えてください。

AGD利活用手順

Ⅰ.制限共有データをAGDに登録する

データ登録手順

登録データについて

セキュリティガイドライン

1.事前相談

データの登録申請手続きについて、DBCLSに事前にご相談ください。

2.申請

  1. 申請者は、申請書類をDBCLSに提出します。
  2. DBCLSは、NBDCヒトデータ審査委員会に審査を依頼します。
  3. 審査が承認されたら、DBCLSはAGDを運用している国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJセンター(DDBJ)にデータ登録のためのAGD登録アカウントの発行を依頼します。
  4. DBCLSから申請者宛に承認通知を送ります。
  5. DDBJから申請者宛にAGDへの登録手順の案内を送ります。

3.データ準備・登録

  1. 申請者は、登録するデータのメタデータを作成して、DDBJ指定の登録手順にしたがってアップロードします。
  2. 申請者は、登録するデータをファイルを準備します。
  3. 申請者は、DDBJ指定の登録手順にしたがってデータファイルをアップロードします。
    または
    申請者は、DDBJ指定の登録手順にしたがってデータファイルをハードディスクに書き込み、DDBJ宛てに郵送します。
  4. DDBJにて、登録を確認後、申請者にAGD管理用IDを通知します。

Ⅱ.制限共有データをAGDに登録する(事前申請制度)

4.事前申請制度

研究プロジェクト開始時(実際の登録データが発生する前)に、包括的な申請を行うことにより、実際のデータ発生時の申請の手間を省略することができます。

[1]研究プロジェクト開始時
事前相談

事前申請制度の手続き方法にについて、DBCLSにご相談ください。

事前申請
  1. 分かる範囲で記載した申請書、研究計画書、倫理審査申請書等を提出してください。
  2. DBCLSが、NBDCヒトデータ審査委員会に審査を依頼します。
  3. 審査が承認されたら、DBCLSはAGDを運用しているDDBJにデータ登録のためのAGD登録アカウントの発行を依頼します。
  4. DBCLSから申請者宛に承認通知と登録アカウント・予定されるデータ登録用Submission IDを送ります。
  5. DDBJから申請者宛にAGDへの登録手順の案内を送ります。

[2]研究プロジェクトが進行し、登録するデータが揃った段階(初回)
データ準備・登録

入手済み登録アカウントとSubmission IDを使用して登録をしてください。
登録完了後、AGD管理用IDを入手します。
データ登録の手順は、「3. データ準備・登録」を参照してください。

[3]研究プロジェクトが進行し、登録するデータが揃った段階(第2回以降)
追加データのデータ準備・登録

入手済み登録アカウントとSubmission IDを使用して登録をしてください。
データ準備・登録の以降の手順は、前記(第1回)と同じです。

Ⅲ.AGDの制限共有データを利用する

データ利用手順

セキュリティガイドライン

1.問い合わせ

利用希望者は、利用に際して、データ提供者(データ登録者)の許可を得ておく必要があります。

  1. 利用希望者は、お問い合わせフォームに必要事項を記入してデータ提供者に送る。
  2. データ提供者は、データ利用を許可する場合は、お問い合わせフォームに署名して利用希望者に返却する。

2.利用環境確認・整備 利用希望者は、ガイドラインに従い、利用環境を確認する必要があります。

NBDCヒトデータグループ共有ガイドライン

3.申請

データ利用希望者は、ガイドラインに従い、利用環境を確認する必要があります。

  1. データ利用希望者は、申請書類をDBCLSに提出します。
  2. DBCLSは、NBDCヒトデータ審査委員会に審査を依頼します。
  3. 審査が承認されたら、DBCLSはDDBJにデータ利用のためのAGD利用アカウントの発行を依頼します。
  4. DBCLSから利用希望者宛に承認通知とAGD利用アカウントを送ります。

4.データ利用

  1. データ利用希望者は、AGD利用アカウントでAGDにログインします。
  2. データ利用希望者は、利用するデータをダウンロードします。
    または
    データ利用希望者は、 空のハードディスクをDDBJに郵送します。

DDBJは、データをハードディスクに入れて、データ利用希望者宛に返送します。

Ⅳ.AGDの制限共有データを公開データに移行する

制限共有データは論文化等のタイミングで公開を原則とし、本格的データシェアリングを行い、ゲノム医療研究の発展への貢献が期待されます。AGDは、DBCLS・DDBJにより運用されているため、簡単な手続き("AGDからNBDCヒトデータベースへ移行"という手続き)で迅速な公開が可能です。

最終更新日 令和6年7月5日